近年來，隨著GMP認證及復認證工作的進行，潔凈工程建設工作受到醫藥企業普遍關注。空氣過濾器的使用是關系到潔凈效果的重要因素，也直接影響著藥品的質量。我國目前很多企業對使用空氣過濾器處于摸索過程中，存在著各種各樣的問題。
1、合理確定各級空氣過濾器效率
確定空氣過濾器效率的要點是：末級空氣過濾器的性能要可靠，預空氣過濾器的效率規格要合理，初級空氣過濾器和預空氣過濾器的維護要方便。因此，應首先根據送風的潔凈要求確定末級空氣過濾器的效率，然后選擇起保護作用的空氣過濾器（預空氣過濾器），如果這級空氣過濾器亦需保護，再在它的上風端增設空氣過濾器。應妥善匹配各級空氣過濾器的效率，若相鄰兩級的效率相差太大，則前一級起不到保護后一級的作用。
使用歐洲“G～F～H～U”效率規格分類時，可每隔2～4檔設置一級空氣過濾器。例如：G3→F5→F8→H12，其中，末端H12空氣過濾器決定送風的潔凈水平，F8保護H12，F5保護F8，G3保護F5。選擇預空氣過濾器時要將使用環境、費用、能耗、維護等因素綜合考慮后決定。潔凈室末端（HEPA）空氣過濾器前要有效率規格不低于F8的空氣過濾器來保護；極（ULPA）空氣過濾器前可選用F9～H11的空氣過濾器。空調系統本身應有效率規格不低于F5的空氣過濾器來保護。在無風沙、低污染地區，F7空氣過濾器前可不設預空氣過濾器；在城市的空調系統中，目前常見的初級空氣過濾器是G3～F6。
2、增大過濾面積
空氣過濾器的過濾面積大，能容納的粉塵就多，其壽命就長。而且過濾面積大，氣流穿過材料的速度就低，空氣過濾器的阻力就小。研究表明，對于同種結構、同樣濾材的空氣過濾器，當終阻力確定時，過濾面積增加50%，空氣過濾器的使用壽命會延長70%～80%；面積增加一倍，空氣過濾器的使用壽命約是原來的3倍。當然，增加過濾面積時，要考慮空氣過濾器的結構和現場條件。例如袋式空氣過濾器，可以通過增加濾袋的數量和濾袋的長度來增加過濾面積；對于傳統有隔板空氣過濾器，可以減小隔板間距以增加濾紙褶數的可能性。
3、調整各級空氣過濾器效率
除了過濾材料面積太小或單位面積的容塵能力太小可導致空氣過濾器使用壽命太短以外，預空氣過濾器的過濾效率偏低也是影響其壽命的原因之一。后者可以通過調整預空氣過濾器的過濾效率，將灰塵擋在預空氣過濾器。例如，末端空氣過濾器是F7，使用G4預空氣過濾器時末端空氣過濾器的使用壽命是3個月，改用F5預空氣過濾器后，末端空氣過濾器的使用壽命延長至半年。在潔凈室，末端空氣過濾器的價值并不高，但更換空氣過濾器的風險和間接費用會很高，而更換預空氣過濾器則無須停產。對于ISO7和ISO8級（舊等級10000和100000級）非均勻流潔凈廠房，預過濾可選用F8空氣過濾器（比色法95%），這樣，末端空氣過濾器的使用壽命一般可達5年。 
4、氣候因素影響過濾效果
若空氣過濾器的使用地楊柳樹較多，在空調設計時就應該采取相應措施，如改變進風口高度或在進風口加護網。若措施不當，那就只剩一招：在飄絮的季節勤換空氣過濾器。
在北方，初春早晨的氣溫往往很低，雨水在地面可以結成薄冰。這時候的雨滴在零度以下的濾材上結冰，并迅速地將空氣過濾器封堵。由蓬松材料制成的空氣過濾器（大多數低效率空氣過濾器）能挺一陣子。當濾材為致密的濾紙時，一個小時就足以將空氣過濾器封死。霧滴是更小、更輕的液態顆粒物，它在零度以下的物體表面結成冰晶。空氣過濾器會因冰晶附身而透不過氣來。如果可能出現冰雨或樹掛，手頭留一套空氣過濾器備件，以備應急使用。霧滴與空氣過濾器接觸，容易與濾材上的積灰混成泥巴。若濾料很蓬松，泥漿會隨風進入空氣過濾器下風端，空氣過濾器還能湊合著用；如果濾材致密或吸水變軟，泥巴會將空氣過濾器封死。有些空氣過濾器可能不怕連陰雨，但怕持續的霧天。陰雨天粉塵少，而且稍有措施就能將雨水擋在空氣過濾器之外。霧天的粉塵可一點也不會少，更何況，現有各種措施也擋不住與霧接觸。另外，氫氟酸對玻璃有強腐蝕作用，空氣過濾器的濾材是玻璃纖維，所以應該避免潔凈廠房內出現氫氟酸。
5、清洗技術難以推廣
前不久，日本研制出用超聲波清洗空氣過濾器的流水線，清洗后的空氣過濾器售價是新空氣過濾器價格的60%～70%（空氣過濾器完好如新，清洗后經過嚴格的性能測試），其成本并不比制作新空氣過濾器低多少，所以一時難以推廣。國內也有人曾經試過用超聲波清洗空氣過濾器，其zui大的麻煩是污水處理，而不是當初設想的其他技術問題。
一般通風與潔凈室用的大多數空氣過濾器是一次性的，它們或無法清洗，或從經濟角度上考慮不值得清洗。效率高的空氣過濾器，使用場合都很講究，空氣過濾器即使洗不壞，也別去洗，除非有把握*清洗干凈、清洗后性能不改變。