潔凈室空調是空調工程中的一種，它不僅對室內空氣的溫度、濕度、風速有一定要求，而且對空氣中的含塵粒數、細菌濃度等均有較高的要求。因此它不僅對通風工程的設計施工有特殊要求，對建筑布局、材料選用、施工工序、建筑做法、水暖電通及工藝本身的設計、施工均有特殊的要求與相應的技術措施，其造價也相應提高。
潔凈空調與一般空調的區別：
（1）主要參數控制：一般空調側重溫度、濕度、新鮮空氣量的供給，而潔凈室空調則側重控制室內空氣的含塵量、風速、換氣次數。在溫濕度有要求的房間，它們也是主要控制參數。生物潔凈室對細菌含量也是主要的控制參數之一。
（2）空氣過濾手段：一般空調有的只有粗效一級過濾，要求較高的是粗效中效二級過濾處理。而潔凈空調則要求三級過濾，即粗、中、三級過濾，或粗、中、亞三級過濾，生物潔凈室除送風系統有三級過濾外，在排風系統為了消除動物的特殊臭味及避免對環境的污染依據不同情況尚設二級過濾或濾毒吸附過濾。
（3）室內壓力要求：一般空調對室內壓力無特殊要求，而潔凈空調為了避免外界污染空氣的滲入或不同生產車間不同物質的相互影響，對不同潔凈區的正壓值均有不同的要求。在負壓潔凈室內尚有負壓度的控制要求。
（4）潔凈空調系統材料和設備的選擇、加工工藝、加工安裝環境、設備部件貯存環境，為了避免被外界污染，均有特殊的要求。這也是一般空調系統所沒有的。
（5）對氣密性的要求：一般空調系統，對系統的氣密性，滲氣量雖有要求。但潔凈空調系統的要求要比一般空調系統高得多，其檢測手段，各工序的標準均有嚴格措施及檢測要求。
（6）對土建及其它工種的要求。一般空調房間，對建筑布局、熱工等有要求，但對選材及氣密性要求不是很注重。而潔凈空調對建筑質量的評價除一般建筑的外觀等要求外，則側重于防塵、防起塵、防滲漏。在施工工序安排及搭接上要求很嚴格，以避免返工，產生裂縫造成滲漏。它對其它工種的配合、要求也很嚴格，主要均集中在防止滲漏，避免外部污染空氣滲入潔凈室及防止積塵對潔凈室的污染。