亞過濾器使用時需要注意以下幾點：
1.亞過濾器安裝前，必須對潔凈室進行全面清掃、擦凈，凈化空調系統內部如有積塵，應再次清掃、擦凈，達到清潔要求。如在技術夾層或吊頂內安裝亞過濾器，則技術層或吊頂內也應進行全面清掃、擦凈。
2.亞過濾器的運輸和存放應按照生產廠標志的方向擱置。在運輸過程中，應輕拿輕放，防止劇烈振動和碰撞，不可以強制裝卸。
3.亞過濾器安裝前，必須在安裝現場拆開包裝進行外觀檢查，內容包括：濾紙、密封膠和框架有無損壞；邊長、對角線和厚度尺寸是否符合要求；框架有無毛刺和銹斑(金屬框)；有無產品合格證，技術性能是否符合設計要求。然后按照國家標準《潔凈室施工及驗收規范》〔JGJ71-90〕的規定的方法進行檢查，合格的應立即安裝。
4.潔凈度級別等于和高于100級潔凈室用的亞過濾器，安裝前應按《潔凈室施工及驗收規范》〔JGJ71-90〕的規定的方法檢漏，并符合規定的要求。
5.各類空氣過濾器、FFU空氣過濾器在安裝前，不允許用手撕毀或打開包裝袋或包裝膜；應嚴格按照過濾器包裝箱上標注的方向標準存放亞過濾器；在空氣過濾器的搬運過程中，應輕拿、輕放，避免劇烈的振動和碰撞。
6.對于亞過濾器，安裝方向必須正確：用波紋板組合過濾器在豎向安裝時，波紋板必須垂直于地面；過濾器在豎向與框架之間的連接，嚴禁滲漏、變形、破損和漏膠等，安裝后必須保證內壁清潔，無浮塵、油污、銹蝕及雜物等。
7.檢驗方法：觀察或白綢布擦拭檢查。
8.安裝亞過濾器時，外框上箭頭應和氣流方向一致；當其垂直安裝時，濾紙折痕方向應垂直于地面。
9.安裝粗效平板式或折疊式過濾器，應使鍍鋅網面在出風背面方向。安裝袋式過濾器，則應使濾袋長度方向垂直于地面，不可使濾袋方向平行于地面安裝。
10.在正常使用條件下，平板、折疊式粗效或中效過濾器，一般1--3個月更換一次，要求不嚴的區域，可將濾料更換下來后可以用含有清潔劑的清水浸泡、沖洗，然后涼干再換上；一般沖洗1--2次后，必須更換新的FFU過濾器，以保證過濾效率。
11.為了充分發揮亞過濾器的作用，在選用和使用過程中，過濾器的迎面風速，粗效、中效過濾器不應大于2.5m/s，亞過濾器和過濾器不應大于1.5m/s，這樣不僅有利于保證過濾器的效率,也能延長過濾器使用壽命，節約成本。
12.在設備運行時，一般不要更換亞過濾器；如因過濾器已到更換期限而無法停機更換，則只允許在不停風機情況更換粗、中效過濾器;亞過濾器和過濾器必須停止送風后方可更換。
13.亞過濾器與連接框架之間的密封墊，必須嚴密、無泄露，以保證過濾效果。
14.對于需用于高濕度、高溫度環境中的亞過濾器，必須選取耐高溫、耐高濕度的濾紙與分隔板、框體材料，以滿足生產的要求。
15.生物潔凈室和潔凈室，必須選用金屬框體的過濾器，且其表面要不易生銹，不允許使用木框板的FFU過濾器，以防產生細菌，影響產品的合格。
16.對于袋式粗效或中效過濾器，在正常使用條件下(平均每天8小時，連續運轉)，一般使用7--9周即應更換新的。
17.對于亞過濾器，在正常使用條件下(平均每天8小時，連續運轉)，一般使用5--6個月，也應加以更換。
18.對于以上的亞過濾器，如果過濾器前后有壓差表或壓差傳感器，則對粗效過濾器，當壓差值大于250Pa時，必須加以更換；對中效過濾器，則壓差大于330Pa時，必須加以更換；對于亞過濾器，則當壓差值大于400Pa時，必須加以更換，且原過濾器不可再利用。
19.對于亞過濾器，當過濾器的阻力值大于450Pa時，或當出風面氣流速度降到低限度，即使更換粗效、中效過濾器后，氣流速度仍不能增大；或當亞過濾器表面出現無法修補的滲漏情況，均須更換新的過濾器；如沒有上述條件，一般可根據使用環境條件情況，1--2年更換一次。